Un mes después, el 15 de noviembre, Erick Thohir es elegido nuevo presidente del Inter, mientras que Moratti pasa a ser presidente de honor tras 18 años como presidente del club italiano. Así se daba inicio a la temporada de 1984/85, donde el equipo logró un meritorio quinto puesto que le daba acceso a disputar la Copa de la UEFA. El cupo a la Copa UEFA tuvo que decidirse en un único partido disputado en Torino, que el equipo rossonero se adjudicó por la mínima diferencia en el tiempo suplementario. El método de Sacchi era ante todo impresionante por la sensación de bloque colectivo que desprendía. Después de igualar 1:1 en Milán, la squadra de Sacchi se vio en desventaja de 0:1, además de tener que disputar el resto del partido con un hombre menos (tras la expulsión de Virdis). En semifinales se enfrentaría al gran favorito para ganar el título y que ya había enfrentado en fase de grupos, el FC Barcelona.
La temporada de 1989/90, lo vio coronarse con la obtención de la primera Supercopa de Europa tras batir, con un único gol de Alberigo Evani en la ida (después de igualar 1:1 en España), al Barcelona. La semifinal la disputó ante el Real Madrid, donde igualó en España (en un partido que lo tuvo como claro dominador y donde le anularon un legítimo gol) por 1:1 gracias a la contundencia goleadora de Van Basten. El resto de los estratos del campo, incluían la solvencia del meta Giovanni Galli, un férreo mediocampo compuesto por Roberto Donadoni, Angelo Colombo y Carlo Ancelotti; a lo que se sumaba el ataque de talentos como Marco van Basten y Ruud Gullit, quienes desplegaban su juego en la compañía del instinto goleador de Pietro Paolo Virdis. Sería reemplazado por una antigua leyenda interista, Marco Tardelli, el cual consiguió llevar al equipo a puestos de Copa de la UEFA. Marco van Basten, jugador del Milán entre 1987 y 1995, donde fue una de las piezas en la consecución del Scudetto, la Copa de Europa y la Copa Intercontinental, además de ser escogido como el mejor jugador de Europa y del Mundo. Al igual que la temporada anterior, el club siguió encantando a Europa y al mundo con grandes actuaciones.
Esa victoria situó al Milán en la final que se disputó en el Camp Nou y frente al temible equipo rumano del Steaua Bucarest (campeones de Europa en 1986). La victoria contundente (magistral a nivel tanto táctico como técnico) de 4:0 dejó en evidencia el vistoso juego del equipo y las grandes individualidades que poseía, al ser Gullit y Van Basten (con una doppietta de cada uno) quienes concretasen los goles que le otorgaban al Milán, su tercera Copa de Campeones y su sexto título a nivel internacional.15 En el campeonato local, el equipo acabó en la tercera ubicación. Ojo, porque hace tres partidos, los interistas cayeron en San Siro ante Empoli, partido que fue unos días más tarde tras haber conseguido la Supercopa de Italia contra su rival de turno para esta ocasión. En un disputado partido con ambos conjuntos jugando con una gran cautela y finalizando empate sin goles en el tiempo regular, el encuentro se definió en el minuto 118′, tras un gol de tiro libre de Evani. A estas alturas, el partido tuvo que suspenderse momentáneamente a causa de una densa neblina, pero tras la reanudación, el cuadro rossonero logró igualar el marcador y forzar los penales, donde finalmente se impuso por 4:2. En cuartos de final se enfrentó al Werder Bremen alemán, al cual eliminó en una muy cerrada eliminatoria, después de igualar sin goles en Alemania y sentenciar todo tras un 1:0 en San Siro.