El 5 de agosto, el Bayern ganaría la Supercopa de Alemania 2017 por sexta vez, en una tanda de penaltis contra el Borussia Dortmund. El equipo mejora en la Bundesliga 2011-12 pero solo le da para ser subcampeón tras el Borussia Dortmund. El anterior entrenador Jupp Heynckes volvió a ser nombrado de forma interina hasta el fin de la temporada. En la primera temporada de Hitzfeld, el Bayern conquistó la Bundesliga y estuvo cerca de conquistar la Liga de Campeones, pero perdieron 1:2 contra el Manchester United en el tiempo extra después de estar ganando en la mayor parte del partido. El 27 de abril de 2010, el Bayern venció al Olympique de Lyon por 3:0 después de ir ganando 1:0 en el primer tiempo. El Bayern ha tenido 26 entrenadores desde su promoción a la Bundesliga en 1963. Udo Lattek, Franz Beckenbauer, Giovanni Trapattoni, Ottmar Hitzfeld, han sido dos veces directores.
El «veterano» entrenador Jupp Heynckes -que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11- sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. Para la temporada de 2007-08, el Bayern hizo cambios drásticos de la escuadra para ayudar a reforjar y reconstruir al equipo. Desde 1998 hasta 2004 el Bayern fue dirigido por Ottmar Hitzfeld. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. Paralelamente, se confirma las negociaciones por la venta del 48% de las acciones del club al inversor tailandés Bee Taechaubol, quien en un principio buscaba hacerse con el 100% de las acciones del equipo lombardo pero que tras las negociaciones en Árcore accedió a mantener (de prosperar las negociaciones) el 52% de porcentaje accionario de Silvio Berlusconi.
Bayern vencería en las rondas finales al Magdeburgo con global 5:3, Ararat Ereván con global 2:1, Saint-Étienne con global 2:0, y al Leeds United. La Supercopa de Europa la disputarían ante el Magdeburgo, quien venía de vencer en la final de la Recopa de Europa al Milan, pero el Bayern y el Magdeburgo no pudieron ponerse de acuerdo en la fecha del partido, y terminó por no jugarse. Copa de Campeones de Europa. Dicho equipo obtuvo la quinta Copa de Europa para el AC Milan en 1994, venciendo al afamado «dream team» del FC Barcelona de Johann Cruyff por 4-0 en una de las finales europeas más desigualadas nunca antes vista. Creció en una familia futbolística, con sus hermanos menores Jürgen y Chedric Seedorf, y su padre, el exjugador y agente de talentos Johann Seedorf. Antes del último partido de la temporada, se inicia con la actuación de una orquesta que entona uno de los himnos de la institución: «Forever Number One». En el campo su actuación en 2006-07 no fue la esperada. Tras el descanso, momento en el cual su equipo caía por 1:0, el futbolista ingresó al campo de juego a los 51′ para instantes después anotar los cinco tantos en un corto lapso de nueve minutos, lo cual constituye un récord mundial.