El equipo finalizó el campeonato en duodécimo lugar, con 46 puntos. Los partidos más significativos de la temporada fueron el empate de visitante contra Roma 4:4, y las victorias en el Estadio San Paolo contra Juventus 3:1, Inter 1:0, Fiorentina 2:0 y ante el Milan 3:1. A pesar de ser derrotado en la última jornada contra la Lazio 2:1, finalizó en octavo lugar, logrando su pase a la Copa Intertoto. En la siguiente ronda venció 3:1 contra el Pisa gracias a la tripleta de Lavezzi y en la tercera fase ganó al Livorno por penales después de un empate 1:1. Fue eliminado en los octavos de final por la Lazio (2:1 en Roma y 1:1 en Nápoles). Gracias al empate por 0:0 y a la victoria de la Triestina, tanto el Napoli como el Genoa consiguieron el preciado ascenso: al término del partido de Piacenza todo el estadio explotó de alegría, muchos entraron al campo de juego aunque todavía faltaba un minuto de juego, pero ya los dos equipos habían ascendido y el partido no se dio por finalizado. Sin embargo, el 10 de abril de 2007 al perder contra los bianconeri por 2:0, el Genoa logró superar al Napoli en cantidad de puntos; desde entonces se produjo una lucha entre estas dos escuadras por lograr el segundo puesto, o sea el ascenso a la Serie A. En la Serie B solo los dos primeros ascienden directo: del tercero al sexto van a un repechaje llamado play-off, donde uno de los cuatro equipos asciende, a excepción de que el tercero saque una diferencia de diez puntos con respecto al cuarto.
Isco Alarcón, que el lunes firmó su contrato como sevillista hasta 2024, se ha puesto el primer uniforme del conjunto nervionense y para ello ha elegido un lugar emblemático donde los haya: la Plaza de España. Al finalizar la temporada, Maurizio Sarri dejó de ser el entrenador del Napoli y en su lugar fue contratado Carlo Ancelotti, que volvió a entrenar en su país natal después de nueve años, firmando un contrato de 3 años de duración. Sin embargo, en enero empezó una racha negativa de tres meses y medio sin victorias, que llevó al cese de Reja como técnico; en su lugar fue contratado Roberto Donadoni, que firmó un contrato de 3 años. En 1996 pasó al equipo juvenil del Malmö F. F. y tres años más tarde fue ascendido al primer equipo. Al final de la primera ronda, los napolitanos fueron los primeros en la clasificación con un puntaje de once victorias, tres empates y una derrota; al comenzar la segunda ronda, el Napoli se aceleró de nuevo, otras siete victorias consecutivas. Pero en la segunda jornada el Napoli sorprendió a todos con una goleada 5:0 de visitante contra el Udinese. Gracias a las victorias contra el Panionios griego en Intertoto (1:0 en Atenas y en Nápoles) y frente a los albaneses del Vllaznia en la segunda fase clasificatoria de la Copa de la UEFA (3:0 de visitante, 5:0 de local), el conjunto partenopeo pasó a la Primera ronda de esta competición, donde fue eliminado por el Benfica (3:2 de local, 0:2 en Lisboa).
↑ «UEFA Champions League 2006/07». UEFA. No les fue tan bien en la Copa Italia ni en la Liga de Campeones de la UEFA 2004-05 donde fueron eliminados en los octavos y cuartos de final respectivamente. En la Copa de la UEFA, los napolitanos eliminaban sin problemas aparentes a sus primeros rivales, primero PAOK (2:1 global), Lokomotive Leipzig (3:1 global) y Girondins de Bordeaux (1:0 en octavos). Ese partido terminó empatado 3 a 3 en el Stadio San Paolo, posteriormente el Napoli ganó la tanda de penales clasificado a los octavos de final. El duelo de vuelta por semifinales de Champions League entre Inter y Milan se disputará este martes 16 de mayo del 2023 en el estadio San Siro. ¿Cuánto dinero gana el campeón de la Champions League? Tras dos empates por 1 a 1, el primero de local contra la Salernitana y el segundo de visitante ante el Udinese, el 4 de mayo de 2023 el Napoli se consagró campeón de su tercer Scudetto. La semana siguiente, se convirtió en el primer jugador de la historia en jugar con siete clubes en la Liga de Campeones cuando fue suplente en la derrota por 1:0 ante el Basilea.