En el campo local, el Milan lograría establecer un dominio en la Serie A, al conseguir el decimocuarto scudetto de la sociedad y el tercero de manera consecutiva (a dos jornadas del término del campeonato). El Milán no volvió al campo en forma de protesta, una vez solucionado el problema técnico, por lo que se le imposibilitó la participación en Europa al año siguiente. Al inicio de 2021, El Nerazzurri golea al Crotone 6-2. El 17 de enero enfrentó a la Juventus en el Derby de Italia venciendo 2-0. Llegando la fecha 22 Inter escala a la primera posición en la tabla tras la victoria 3-1 sobre SS Lazio, aprovechando la derrota de AC Milán frente al recién ascendido Spezia. Repitiendo el sólido camino (con emocionantes partidos como el 7:3 a la Fiorentina o el 5:4 al Pescara) del torneo precedente, el Milán mantuvo el liderazgo y el control del campeonato desde la primera jornada, culminando con el bicampeonato y la obtención del decimotercer scudetto.
En la temporada de 1993/94, el Milán cambió nombres, como el del trío neerlandés (al ser Gullit y Rijkaard traspasados y Van Basten estar cerca del retiro por una serie de infortunios), Alberigo Evani (después de trece años con el club, fue cedido a la Sampdoria) y Gianluigi Lentini (víctima de un grave accidente automovilístico, quedó fuera del equipo por el resto de la campaña). En los años 90, Lotto destaca por su innovación en la segunda y tercera camiseta. Un año más tarde los blancos también cayeron ante los portugueses, que afrontaba en 1963 su tercera final consecutiva, con Eusebio sobre el césped, pero ya sin Bela Guttmann en el banquillo. El prolífico año se cerraría en el plano europeo, al arribar invicto, a la tercera final de manera consecutiva de la Liga de Campeones (la séptima en la historia de Il Diavolo). Enfocándose en la obtención del campeonato de liga (el duodécimo de la Sociedad), Capello y el equipo lograrían su cometido en un campeonato récord, que les valió el apodo de Gli Invincibili (los invencibles).19 Con el registro de 56 puntos y sin conocer la derrota en aquel campeonato, el Milán se transformó en el segundo equipo italiano en terminar de manera invicta el campeonato (junto al Perugia de 1979) y el primero en ganarlo, manteniendo la imbatibilidad durante todo el proceso.
De esta manera accedió a nueva final, la cual perdió por un global de 0:1 ante la Juventus. Para la segunda ronda, el equipo volvió a enfrentar al Real Madrid, equipacion milan 2023 al cual eliminó después de imponerse por 2:0 en Italia y resistir un 0:1 en la ida. Aquel trofeo lo obtuvo ante el Arsenal, al que, después de empatar sin goles en Inglaterra, se venció por 2:0 en Milán, tras sendos goles de de Boban y Massaro (al minuto 41′ y 67′, respectivamente). En la temporada de 1990/91 y tras la ida de Giovanni Galli al Napoli, el equipo se estrenó con la obtención de la segunda Supercopa de Europa, al derrotar a la Sampdoria por 2:0 en el San Siro (con goles de Gullit y Van Basten), después de haber logrado igualar 1:1 en la ida (gracias a un gol de Evani). La llave de semifinales la disputó ante el Bayern de Múnich, al que derrotó por 1:0 en el San Siro y gracias a un gol vital de visitante, el equipo pudo sortear el 1:2 en contra en Alemania.